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曹 洋

发布时间 :2016年06月10日 浏览量 :1172

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曹洋 博士, 副教授

cy_scu.AT.yeah.net(为避免垃圾邮件,请把.AT.换成@)

研究兴趣

1)探索蛋白质的序列、结构、功能三者密切联系的奥秘

2)探索人工设计非天然蛋白质的方法,赋予其生物学特性

3)探索高效开发靶向药物的计算方法

4)探索在生物数据海洋中挖掘信息的方法

研究成果

1)提出基于碰撞回避的自适应迭代搜索算法,编写蛋白质结构预测软件CISRR ,该工作被写入为Springer出版社分子生物学丛书《Protein Structure Prediction》(第三版)。

2)提出基于Tolman length的溶剂模型和算法, 可广泛用于疏水作用的分析研究。

3)提出耐药突变预测算法,用于研究靶向药物失效的分子机制。

4)建立药物分子虚拟筛选计算平台,并在对AchE、MDM2、PB等多个重要蛋白抑制剂的研究中发现活性分子。

5)建立抗体计算分析平台,用于抗体改造和的人源化设计。

6)参与发展了一套以结构模板为基础的蛋白质三维结构预测计算平台,在 2010 年国际蛋白质结构预测比赛 CASP9 比赛中, 取得了当时国内历届参赛小组的最好成绩(小组排名第 9)。

工作经历:

2011-2014,四川大学,太阳集团城网址,讲师

2014-今, 四川大学,太阳集团城网址,副教授

教育经历:

2016-2017,美国密歇根大学,生物信息学,访学

2004-2010,中国科学院生物物理研究所,生物信息学,博士

2000-2004,西南交通大学,应用物理学,学士

主要论著:

1. Cao Y*, Li L., Improved protein-ligand binding affinity prediction by using a curvature dependent surface area model,Bioinformatics, 30(12):1674-80. 2014

2. Huang L#,Cao Y#, Zhou J, Qin K, Zhu W, Zhu Y, Yang L, Wang D, Wei H*, Shu Y*., A conformational restriction in influenza A virus neuraminidase binding site by R152 caused the combinational effect of I222T with H274Y on oseltamivir resistance.Antimicrob Agents Chemother. 58(3), 1639-1645, 2014 (#co-first author)

3. Cao Y, Song L, Miao Z, Hu Y, Tian L, Jiang T*. Improved side-chain modeling by coupling clash-detection guided iterative search with rotamer relaxation.Bioinformatics.27(6): 785-790. 2011

4. Cao Y, Koh X, Dong L, Du X, Wu A, Ding X, Deng H, Shu Y, Chen J, Jiang T*. Rapid Estimation of Binding Activity of Influenza Virus Hemagglutinin to Human and Avian Receptors.PLoS One. 6(4):e18664. 2011

5. Guo J#,Cao Y#, Qin K, Zhao X, Wang D, Li Z, Xin L, Shu Y, Zhou J. Limited effect of recombinant human mannose-binding lectin on the infection of novel influenza A (H7N9) virus in vitro.Biochem Biophys Res Commun. 458(1):77-81. 2015 (#co-first author)

6. Bu C, Peng B,Cao Y, Wang X, Chen Q, Li J, Shi G. Novel and selective acetylcholinesterase inhibitors for Tetranychus cinnabarinus (Acari: Tetranychidae).Insect Biochem Mol Biol.66:129-35. 2015

7. Miao Z,Cao Y,Jiang T. "Modeling of protein side-chain conformations with RASP",Protein Structure Prediction, 3rd Edition (Methods in Molecular Biology), Edited by D. Kihara, ISBN: 978-1-4939-0365-8 (Print) 978-1-4939-0366-5 (Online). Springer, 2014

8. Larson AM, Wang H,Cao Y, Jiang T, Chen J, Klibanov AM*. Conjugating drug candidates to polymeric chains does not necessarily enhance anti-influenza activity.J Pharm Sci.101(10): 3896-905. 2012

9. Miao Z,Cao Y, Jiang T*. RASP: rapid modeling of protein side chain conformations,Bioinformatics. 27(22): 3117-22. 2011

10. Hu Y, Dong X, Wu A,Cao Y, Tian L, Jiang T*. Incorporation of local structural preference potential improves fold recognition.PLoS One. 6(2): e17215. 2011

11. Zhao Y, Zhang Y,Cao Y,Qi J, Mao L, Xue Y, Gao F, Peng H, Wang X, Gao GF, Ma Y*. Structural analysis of alkaline β-Mannanase from alkaliphilic Bacillus sp. N16-5: implications for adaptation to alkaline conditions.PLoS One.6(1): e14608. 2011

12. Du X, Wang Z, Wu A, Song L,Cao Y, Hang H, Jiang T. Networks of genomic co-occurrence capture characteristics of human influenza A (H3N2) evolution.Genome Research, 18(1): 178–187, 2008